ỨNG DỤNG CÔNG NGHỆ GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI VÀ CÁC PHẦN MỀM TIN SINH HỌC TRONG VIỆC ĐÁNH GIÁ SƠ BỘ BIẾN THỂ DI TRUYỀN Ở NGƯỜI BỆNH TỰ KỶ VIỆT NAM

Nguyễn Thu Hiền, Nguyễn Thị Thanh Ngân, Nguyễn Thị Kim Liên, Nguyễn Ngọc Lan, Nguyễn Văn Tụng, Thành Ngọc Minh, Phan Văn Chi, Nguyễn Huy Hoàng

Abstract


Tự kỷ là một hội chứng rối loạn phát triển của hệ thần kinh. Bệnh được biểu hiện bằng những khiếm khuyết về tương tác xã hội, khó khăn về giao tiếp và các hành vi sở thích hạn chế, lặp đi lặp lại. Tỷ lệ mắc bệnh ở trẻ nam nhiều hơn trẻ nữ và có xu hướng ngày càng tăng nhanh trên thế giới. Hiện nay chưa có phương pháp chữa trị dứt điểm cho các triệu chứng của bệnh tự kỷ. Các nghiên cứu trên thế giới cho thấy rằng tự kỷ là một trong bệnh có yếu tố di truyền chiếm từ 40-80%, và do nhiều gen liên quan. Nguy cơ di truyền của bệnh có liên quan đến ảnh hưởng kết hợp của các biến thể khác nhau. Giải trình tự vùng mã hóa - Whole exome sequencing (WES) đã xác định hàng chục nghìn biến thể gen trong mỗi exome ở nhiều bệnh đa gen như: tim mạch, thần kinh Vì thế, WES đang được coi là hướng đi đúng đắn để nghiên cứu di truyền bệnh tự kỷ. Bằng cách ứng dụng các phần mềm tin sinh học chuyên sâu như BWA (Burrows-Wheeler Alignment Tool); Picard; GATK (Genome Analysis Tool Kit), SnpEff, SnpSift, PolyPhen-2, nghiên cứu này đưa ra một quy trình cơ bản nhất để xác định các biến thể di truyền ở người bệnh tự kỷ. Đây là nghiên cứu đầu tiên sử dụng phương pháp WES để phân tích mối liên quan di truyền với bệnh nhân tử kỷ ở Việt Nam. Kết quả của nghiên cứu này làm cơ sở để định hướng cách thức phân tích số liệu WES.


Keywords


Bệnh di truyền; giải trình tự gen thế hệ mới; giải trình tự vùng mã hóa; tin sinh học; tự kỷ

Full Text:

PDF


DOI: https://doi.org/10.15625/1811-4989/15/3/13372 Display counter: Abstract : 154 views. PDF : 2505 views.